يقيم المركز الوطني للمتميزين في نهاية كل عام دراسي المؤتمر العلمي لمشاريع الطلاب البحثية، إذ تعد هذه المشاريع واحدة من الآليات المتبعة في المركز الوطني للمتميزين والتي تهدف إلى تنمية مهارات البحث العلمي ورعايتها وتأسيسها لدى الطلبة، وتحفيزهم على الإبداع والابتكار. يتم التحضير للمشاريع البحثية منذ بداية العام الدراسي إذ يقوم الطلبة بمساعدة من أساتذتهم باختيار الموضوعات التي يرغبون البحثَ فيها ويحدد كل فريق منهم عنوان بحثه، والاحتياجات المطلوبة للبدء بتنفيذ المشروع. وقد انجز الطلاب في العام الدراسي (٢٠١٤-٢٠١٥) 41 مشروعا بحثيا في تخصصات الفيزياء والكيمياء والرياضيات والمعلوماتية وعلم الاحياء، وبعض المشاريع يتقاطع فيها حقلان علميان كالفيزياء والمعلوماتية، أو الرياضيات والمعلوماتية، بالإضافة إلى الفيزياء وعلم الأحياء. ويقوم المركز الوطني للمتميزين، ومن خلال كادره التدريسي، بالتعاون مع مشرفين أكاديميين مختصين من جامعة تشرين والجمعية السورية للمعلوماتية، بالإشراف على كافة المشاريع البحثية الطلابية، وتتم مناقشة المشاريع في كل عام مع نهاية الفصل الثاني من العام الدراسي، ويعمل على تقييمها لجان علمية متخصصة.